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首先是神座岛，设定上这座岛是神曾经居住的岛屿，岛内有联通世界命脉的世界树，世界树下有近百颗神晶。

神晶是一种特殊的晶体，每一颗体内包含一股生命力，但是这生命力没有思想和形体，只有通过强大外部磁场的干扰才能让其具象化。

二十一年后的主角，也就是成为世界有名的陈博士陈轩，带领各国派出的探险者前往神座岛寻求神的遗迹，最后他们发现了世界树和神晶的存在，出于某个目的，陈博士将世界树的力量占为己有了，并且按照少年时代热爱的英雄联盟角赋予神晶内的生命力相同的外形！

最初被创造出的五个使徒，除了不知道名字的第四使徒，分别是审判天使凯尔，堕落天使莫甘娜，皮城女警 凯特琳和影流之主 劫。

他们五个由于实力过于强大，可以轻松的破坏掉联合国派出千条军舰。同时也因为他们强大的力量所以被陈博士限制不能离开神座岛。

后联合国派出军舰企图毁灭神座岛，后发现使徒的力量之强大，于是联合国希望可以和陈博士进行谈判，派出了使节团前往神座岛进行和谈。

在这中间，使节队的一人和第三使徒凯特琳相恋，但这场恋爱是一个骗局，这个使节最后杀死了凯特琳并且将她的魂核带走了，同时还偷走了部分神晶，其中有几颗已经初现形体。

由于该使节的行为，间接导致了后来使徒灭世的举动，在使徒面前诸国完全没有抵抗的力量，人类流离失所，在持续五年的战火中，被称为最后的希望之都的弥赛亚城忽然出现，拥有超强保护盾结界的弥赛亚城可以制御除五大使徒外的所有使徒的攻击，而其最高领导则是建立这座城市的弥赛亚王，他同时也是当年杀死凯特琳的使节，而弥赛亚外围结界的能源提供点就是地底供奉的凯特琳的魂核。

陈博士本来是想要出动所有力量破坏掉弥赛亚城，可后来莫甘娜反叛，带着手下黑暗组织逃离神座岛，占领大陆南方领域称王！之后不久凯尔也带领自己的圣光军团脱离神座岛，称霸北方区域，由于两大使徒带着旗下的军队脱离，神座岛元气大伤，所以一时间无暇顾及弥赛亚城。

然后就这样又过了几年，直到主角穿越来到了二十一年后的的确，被三将军之一的未来闻海所发现就有了现在的剧情……

什么是进化元素：二十一年后的少数人类体中会出现名为进化元素的物质，经过神之碎片的淬炼，进化元素便能发展成一种异能，异能按照等级从小到大进行排列分别为dcbas，而三将军便属于最高s级的异能持有者，其中急速将军闻海 的异能是幻影的脚步，杀人于无形，而幻剑将军七月 异能是将四周的冷空气凝结成兵刃，并且操控这些兵刃进行战斗，暴龙将军 杰罗斯能力未知。

弥赛亚城的最高领导是弥赛亚王，上一代弥赛亚王室杀死凯特琳的创建弥赛亚的使节，不过他已经病死了，新的弥赛亚王是其孙女，一个萝莉。

弥赛亚王下有被称为中央十三室的机构，十三室代表弥赛亚特殊的十三个机构，每一个机构有一个人管理，苏朝颜所管理的前线指挥部，白洛的神教所都属于十三室中的一个，当弥赛亚有重大要务要处理，必须是十三室的成员需要坐在一张圆盘桌前一起讨论进行抉择的，这成为圆盘会议。